基于分子对接及分子动力学阐释牦牛乳干酪苦味肽的抗凝血构效和分子机制OA

该文以牦牛乳干酪苦味肽RPKHPIK(RK7)和VYPFPGPIPN(VN10)为研究对象,系统探究其抗血栓活性的分子间作用机制。使用ExPASy-ProtParam、Innovagen和PepDraw等工具计算RK7和VN10的理化性质,并结合体外试验测定肽段对凝血酶的抑制活性,通过分子对接技术和分子动力学揭示肽段抑制凝血酶活性的作用机制及抗凝血的分子作用。经研究表明,肽段RK7和VN10均能抑制凝血酶的活性,抗血栓活性显著。分子对接显示凝血酶中的Ser195、Glu192、Gly193、Gly216与RK7和VN10的结合起重要作用,并且Ser195、Glu192和Gly193是影响凝血酶活性的关键氨基酸;RK7和VN10通过氢键、疏水作用及静电相互作用与凝血酶(1A4W和2BVR)活性位点结合,结合能分别为-7.6和-8.6 kcal/mol以及-7.5和-7.7 kcal/mol,优于阳性对照比伐卢定(-7.0和-6.4 kcal/mol)。为明晰凝血酶与多肽RK7及VN10所形成复合物的动态特性,该文进行了分子动力学模拟,并对其关键结构参数进行了分析,包括均方根偏差(root-mean-square deviation,RMSD)、均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF)、氢键数目、回转半径(radius of gyration,Rg)以及溶剂可及表面积(solvent accessible surface area,SASA),结果均表明肽与目标蛋白的复合体系稳定。经生物信息学预测与试验验证相结合印证,该试验从分子层面为牦牛乳酪蛋白降解肽的抗血栓活性提供重要理论参考,为功能性食品的开发设计提供理论依据与创新方向。