基于三代单分子纳米孔测序方法的GCRV-ⅡS10和S11节段单核苷酸变异分析OA
为探究基因Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV-Ⅱ)遗传变异和进化规律,本研究以2017—2025年从广东、湖南、江西等省份采集的20株GCRV-Ⅱ为对象,使用三代单分子纳米孔测序技术对GCRV-Ⅱ的S10和S11节段进行单核苷酸变异(Single Nucleotide Variant,SNV)分析,并结合变异位点数量、密度和香农熵多样性指数评价GCRV-Ⅱ不同毒株之间的准种遗传多样性差异。结果显示,20株GCRV-Ⅱ毒株的S10和S11节段均存在不同程度变异,且同一变异位点至少包含两种碱基(以碱基转换为主)。S10节段整体变异水平高于S11节段,S10节段变异位点密度为0—144.1 SNV/kb,S11节段为0—21.4 SNV/kb;香农熵多样性指数分析显示不同日期和地理来源的GCRV-Ⅱ准种遗传多样性存在明显差异,提示不同GCRV-Ⅱ准种间差异可能与地理来源或流行时间有关。系统进化分析进一步显示20株GCRV-Ⅱ在进化上呈现明显的分化。本研究基于三代单分子纳米孔测序技术,比较不同日期和地理来源的GCRV-Ⅱ毒株S10和S11节段在单核苷酸水平上的准种遗传多样性差异,为深入解析GCRV-Ⅱ遗传变异规律和进化机制奠定基础,并为疫苗候选株筛选及流行病学监测提供理论依据。
邱振阳;江颖琳;尹纪元;张利平;王英英;李莹莹;莫绪兵;王庆;郑树城
福建农林大学海洋学院,福州350002 中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380重庆市水产技术推广总站,重庆400714中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部渔用药物创制重点实验室,广东省水产动物免疫与绿色养殖重点实验室,广州510380
农业科技
草鱼出血病草鱼呼肠孤病毒准种遗传多样性进化机制单分子纳米孔测序技术
《水生生物学报》 2026 (10)
P.140-149,10
国家重点研发计划“海洋农业与淡水渔业科技创新”重点专项(2024YFD2401100)中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2025SJXK4和2023TD49)国家大宗淡水鱼产业技术体系(CARS-45)资助。
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