面向国产超算平台的反应分子动力学(ReaxFF MD)模拟移植与优化OA

PuReMD软件是基于ReaxFF反应力场的高效、开源的实现,但现有的PuReMD在“嵩山”超级计算机平台上的实现无法利用DCU加速卡设备,模拟效率低。为了充分利用“嵩山”超级计算机平台的加速器资源,提升PuReMD的运行效率,利用gprof对PuReMD程序进行热点分析,将计算密集且具有良好并行性的热点函数根据HIP-C重写为设备函数,并设计主机端与设备端的数据传输,实现了PuReMD-DCU版本。实验结果表明,PuReMD-DCU相对于串行版本的PuReMD在H_(2)O和AL_(2)O_(3)原子系统上分别取得了45.92和9.74的加速比。PuReMD-DCU可以为约瑟夫森结在“嵩山”超级计算机平台上的模拟提供支持,并且能够为分子动力学模拟的其他力场面向“嵩山”平台的移植与优化奠定研究基础。