我国新发腹泻沙门菌豪顿亚种Ⅳ43:z_(4),z_(23):-/ST2085的病例报告及基因组特征分析OA

目的基于1例感染性腹泻沙门菌豪顿亚种(Salmonella enterica subsp.houtenae,S.Ⅳ)病例株,解析其基因组特征和疾病生态学背景。方法菌株经系统生化、血清分型、WGS预测血清型、耐药和毒力基因,比对不同时期我国S.Ⅳ43:z_(4),z_(23):-不同序列型Ⅵ型分泌系统(typeⅥsecretion system,T6SS)核心组分蛋白基因数,NCBI下载75株参比菌株(沙门菌亚种Ⅰ~Ⅳ、Ⅵ)基因组序列进行全基因组核心单核苷酸多态性(core genome Single Nucleotide Polymorphism,cgSNP)聚类分析。结果腹泻患儿为菌痢样腹泻伴高热、血相白细胞和C反应蛋白升高,菌株鉴定为S.Ⅳ43:z_(4),z_(23):-/ST2085,抗菌药物表型敏感,携带氨基糖苷类耐药基因aac(6′)-Iaa和喹诺酮耐药决定区(QRDR)氨基酸单点突变parC(T57S),预测分泌系统基因数(99个)显著多于菌毛粘附系统(26个),染色体上独有柯克斯体的Ⅳ型分泌系统(typeⅣsecretion systems,T4SS),毒力因子包括两套Ⅵ型分泌系统(ACE-T6SS、SCI-T6SS)、LEE毒力岛(espA)、肠毒素基因(SpvB)等,重组6个外源菌基因:志贺菌(SopA)、嗜血杆菌(GalE)、鲍特菌(FlaA)、大肠埃希菌(Tsh)、耶尔森菌(Invasin A、O抗原)。1986—2009年我国S.Ⅳ43:z_(4),z_(23):-的T6SS核心组分蛋白基因仅有5个,而2012年后核心组分蛋白基因数则增加到12~14个。NCBI数据库提示S.Ⅳ43:z_(4),z_(23):-属水产环境生态位,全球6大洲皆有,本例ST2085属首次新发人源腹泻序列型,T6SS核心组分蛋白基因有12个。结论综合患儿可疑动物接触史、临床表现和菌株基因组特征分析,本例菌株为新发腹泻性S.Ⅳ序列型,建议公共卫生部门加强监测,同时提升临床实验室对非肠道亚种沙门菌的鉴定能力。