2例脓毒血症病例血液与粪便分离沙门菌的基因组特征和疾病生态学分析OA

目的分析2例5岁以下幼儿非伤寒沙门菌脓毒血症的血液与粪便分离同型和异型沙门菌基因组特征,为疾病生态学研究提供参考依据。方法脓毒血症患者粪便和血培养分离菌株分别使用系统生化、抗生素敏感性试验、血清分型和全基因组测序分型,基于基因组大数据评估沙门菌血清型的生态位特征。结果病例1血液和粪便株均为巴拿马沙门菌ST48,病例2粪便株为多重耐药的阿贡纳沙门菌ST13、血液株为姆班达卡沙门菌ST413,病例1临床感染指标较病例2严重,均使用阿奇霉素治愈。2株巴拿马沙门菌ST48均携带氨基糖苷类耐药基因aac(6′)-Iaa和喹诺酮耐药决定区基因parC(T57S)点突变,姆班达卡沙门菌ST413亦有aac(6′)-Iaa和parC(T57S),阿贡纳沙门菌ST13为多重耐药,携带β-内酰胺类bla_(CTX-M-65)、喹诺酮类parC(T57S)、qnrS1、磺胺类sul3、氯霉素类floR、cmlA1、四环素类tet(A)、氨基糖苷类aac(6′)-Iaa、aph(4)-Ia、aph(6)-Id、aph(3′)-Ia、aph(3″)-Ib、aac(3)-Ⅳ、aadA2b、磷霉素fosA7、林可霉素lnu(F)等8类药物耐药基因,含ISKpn19等可移动遗传元件11个。2例脓毒血症临床表征差异可能与菌株毒力基因组差异化有关:病例1的2株巴拿马沙门菌ST48携带Ⅲ分泌系统(typeⅢsecretion system,T3SS)基因数均多于菌毛黏附基因、均有类伤寒沙门菌毒素基因(CdtB、PltA)和3种外源菌重组基因;病例2血液分离姆班达卡沙门菌ST413和粪便分离阿贡纳沙门菌ST13携带T3SS和菌毛黏附基因分别为78、74个和94、69个,阿贡纳沙门菌ST13另有T6SS和免疫逃逸基因(GtrA)。基因组大数据评估巴拿马沙门菌ST48、姆班达卡沙门菌ST413、阿贡纳沙门菌ST13均属跨洲传播的多宿主生态位型克隆。结论沙门菌脓毒血症高致病性可能与菌株分泌系统基因有关,不同血清型菌株在肠道竞争入血可能与菌毛黏附基因有关而非分泌系统基因决定。临床应重构侵袭型非伤寒沙门菌(iNTS)脓毒血症诊疗能力,强化血培养和粪便同步检测,防控iNTS的高毒力、高耐药克隆。