枳蓂属植物的叶绿体基因组特征、密码子偏好性及系统发育分析OA

枳蓂属隶属于鼠李科,因其弯曲膨大、肉质肥厚的果序轴形态而闻名。关于枳蓂属植物遗传方面的探索,特别是在叶绿体基因组的结构与多样性方面较为有限。鉴于叶绿体基因组在系统发育研究中的重要性,深入了解枳蓂属叶绿体基因组的结构和特征十分必要。对枳蓂属2个物种[北枳蓂(Hoveniadulcis)和毛果枳蓂(H.trichocarpa)]及1个变种[俅江枳蓂(H.acerbavar.kiukiangensis)]的叶绿体基因组进行高通量测序、组装和注释,联合已公布的2个枳蓂(H.acerba)的叶绿体基因组序列,比较分析枳蓂属植物叶绿体基因组的结构特征,构建本属物种间的系统发育关系。结果发现,具有典型四分体结构的枳蓂属叶绿体基因组序列长度在161628~161853bp之间,GC含量36.60%~36.70%。完整基因组共包含133~134个基因,除去19~20个重复基因后,包含80个PCG基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。密码子偏好性分析显示,偏好使用A/U结尾的密码子;散在重复序列检测结果显示主要为正向重复和回文重复;简单重复序列分析发现,SSR以单碱基重复为主,主要组成碱基为A/T;构建的鼠李科植物的系统发育关系显示,枳蓂属物种聚为独立的单系类群,与枣属(Ziziphus)、马甲子属(Paliurus)植物亲缘关系最近;属内俅江枳蓂与枳蓂以100%的支持率紧密地聚在一起,与系统树基部的毛果枳蓂、北枳蓂关系相对稍远。