三疣梭子蟹低密度SNP芯片的设计及在家系鉴定中的应用评估OA
【目的】设计一款三疣梭子蟹低密度SNP芯片并应用其建立高精度、低成本的家系鉴定技术。【方法】基于298份重测序数据,根据测序深度、次等位基因频率(MAF)和缺失率等指标,从参考基因组中筛选高质量SNP位点,进一步通过对8个群体(家系)的79个样本群体分析以检验其在家系鉴定中的潜力。根据SNP位点信息设计cGPS芯片,利用芯片对家系个体进行分型并结合KING-robust算法分析亲缘关系。【结果】筛选到977个分布于53条染色体上的高质量SNP位点,平均间距935512.44 bp,位点平均测序深度达13.57×,MAF平均值为0.21,平均缺失率为0.11。群体分析结果显示,筛选的SNP位点可清晰区分野生群体、人工群体及全同胞家系;根据SNP位点信息设计了低密度cGPS芯片,评估显示,其位点检出率为99.48%,重复样本一致率为99.55%;利用芯片对8个家系的45个个体进行亲缘关系分析,结果显示子代检出率为91%,家系判别准确率100%。【结论】本研究设计了一款低密度SNP芯片,经评估其分型性能准确、稳定。该芯片具有较高的家系辨别能力,能够满足育种研究中的家系鉴定及亲本溯源。本研究设计的低密度SNP芯片及家系鉴定方法为三疣梭子蟹育种提供了重要工具及技术支撑,有助于促进优良品种的选育。
苏轶辰;贾少婷;侯雅诗;潘晓彤;孙东方;高保全;吕建建
上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071 崂山实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,山东青岛266237中国水产科学研究院黄海水产研究所,海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室,山东青岛266071 崂山实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,山东青岛266237
农业科技
三疣梭子蟹SNP芯片家系鉴定遗传结构
《水产学报》 2026 (8)
P.92-101,10
山东省重点研发计划(2024CXPT071-2)中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2023XT0204,2023TD50)海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室开放课题(BRESG202306)国家虾蟹产业技术体系(CARS-48)。
评论