黄鳍棘鲷基因组组装及刺激隐核虫抗性的GWAS分析OA

【目的】探究黄鳍棘鲷个体对刺激隐核虫抗性的遗传基础,筛选与黄鳍棘鲷刺激隐核虫抗性相关的SNP位点和基因。【方法】本实验综合应用二代+三代+Hi-C策略,组装黄鳍棘鲷染色体水平的基因组;通过人工感染实验构建黄鳍棘鲷刺激隐核虫抗性实验群体,并以组装的基因组作为参考基因组,对黄鳍棘鲷刺激隐核虫抗性性状进行全基因组关联分析。【结果】黄鳍棘鲷基因组为677.07 Mb,Contig N50为26.41 Mb,Scaffold N50为29.26 Mb,基因组完整性评估结果为97.42%,预测出25164个基因,其中24277个基因(96.48%)得到功能注释。利用线性混合模型进行黄鳍棘鲷全基因组关联分析,筛选出12个与刺激隐核虫抗性相关的SNP位点,并在SNP位点的上下游检索到cd40、ap-1、sae1等10个与该性状有关的基因,经注释发现这些基因与生物体免疫、细胞应激以及炎症反应等过程相关。【结论】本研究成功组装了染色体水平的黄鳍棘鲷基因组,并以组装的基因组作为参考基因组,对黄鳍棘鲷刺激隐核虫抗性群体进行全基因组关联分析。筛选出与刺激隐核虫抗性相关的SNP位点,并在SNP位点的上下游检索到10个与刺激隐核虫抗性相关的基因。研究结果可为下一步黄鳍棘鲷刺激隐核虫抗性机理解析及抗虫品种培育提供参考。