基于50K SNP芯片解析广东省五指山猪群体遗传结构OA

【目的】解析五指山猪群体遗传结构,以期更好地保护这一独特的种质资源。【方法】使用50K SNP芯片对84头(公猪8头、母猪76头)成年五指山猪进行基因分型,评估该群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及最小等位基因频率(MAF),检测群体内状态同源(IBS)的遗传距离及连续性纯合片段(ROH),构建群体的G矩阵和系统进化树,并分析五指山猪群体的遗传结构。【结果】质控后共得到26783个单核苷酸多态性(SNP)位点,其中,分布于1号染色体上的SNP数量最多,达2460个;分布于18号染色体的SNP数量最少,仅654个,SNP数量与染色体长度呈极显著正相关(r=0.927,P<0.01)。五指山猪群体的观测杂合度、期望杂合度及最小等位基因频率平均值分别为0.2850、0.2797和20.44%,估计的有效群体大小(NE)从距今98世代前的318减少至13世代前的72。84头个体间平均状态同源遗传距离为0.22615,其中8头公猪间遗传距离为0.22898。在全基因组水平共检出11125个ROH,群体近交系数为0.197,处于较高水平。根据遗传距离的远近将群体划分为7个家系,其中6个家系包含公猪,1个家系仅包含母猪,各家系个体的数量存在明显差异。【结论】五指山猪群体的遗传多样性较高,且总体近交系数偏高,存在近交风险。后续应有计划地引入其他群体中五指山猪血缘,以进一步提升群体遗传多样性,并保障资源可持续利用。