基于RNA-seq的等离子体诱导草原黑蘑差异表达基因挖掘与分析OA

研究以草原黑蘑原生质体为材料,采用等离子体诱变技术挖掘菌丝体生长明显加快的突变菌株,并以出发菌株为对照组、诱变后筛选得到处理组(A组)。对测序数据进行de novo组装与功能注释,结合差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),系统挖掘与草原黑蘑生长速度差异相关的关键代谢通路和候选基因。结果表明,A组与CK组共鉴定到1756个差异表达基因。GO富集分析及KEGG通路分析显示,碳代谢相关通路显著富集,且多数关键节点基因以上调表达为主,说明A组的碳代谢水平整体处于增强状态。使用WGCNA把生长性状显著相关的基因聚类到共表达模块。RT-qPCR结果显示,10个验证基因中有9个基因的表达趋势与转录组测序结果一致,支持转录组测序结果的可靠性。综合分析表明,草原黑蘑菌丝体生长速度的加快可能与中央碳代谢增强、细胞壁与膜系统重塑以及蛋白质稳态维持等过程的协同调控有关。本研究所筛得与生长调控相关的潜在基因可为草原黑蘑优良菌株的选育及关键的功能基因的研究提供理论依据。