基于转录组数据的黄缨菊SSR位点特征分析及引物开发OA
为了阐明黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)全长转录组中简单重复序列(SSR)的位点信息和特征,设计和开发能用于分子遗传标记及多样性研究的SSR引物,本研究利用PacBio Sequel测序平台对黄缨菊全长转录组进行测序,去冗余原始数据获得46100条Unigenes,采用MISA工具分析SSR位点信息,利用Primer Premier 5设计SSR引物筛选特异性高、多态性好的引物。结果表明:黄缨菊转录组中通过序列分析共识别出16441个SSR位点,分布于12303条Unigenes上,SSR出现频率为35.66%;SSR位点的三核苷酸基序占总SSR的36.77%,二核苷酸和单核苷酸分别占总SSR的30.36%和25.67%;ATC/ATG和AG/CT分别是三核苷酸和二核苷酸的优势基元,不同重复类型核苷酸出现频率随重复次数增加而降低;利用Primer Premier 5软件设计145对黄缨菊SSR引物,经初筛、复筛、毛细管电泳检测,筛选出15对多态性高且稳定性好的引物。本研究结果表明,黄缨菊转录组中SSR位点分布频率高,类型丰富,具有良好的多态性潜能,可为将来黄缨菊群体遗传多样性分析、系统发育研究以及分子辅助育种等提供重要的基础数据。
雷洁琼;刘玉萍;苏旭;高宣琳;冯旭;杨倩;余明君;郑长远;毛轩睿
青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室,青海西宁810008 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,青海西宁810016青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室,青海西宁810008 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,青海西宁810016青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008
农业科技
黄缨菊转录组SSR序列特征多态性引物
《草业科学》 2026 (5)
P.1083-1093,11
青海省自然科学基金项目(2025-ZJ-996M)国家自然科学基金项目(32360305)青海师范大学本科生科技创新项目(qhnuxskj2026034)。
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