油桐U-box基因家族的全基因组鉴定及表达特征OA
在全基因组水平鉴定油桐U-box基因家族,分析其序列特征、进化关系及表达模式,为探究其功能提供理论基础。基于油桐全基因组数据,综合运用BLASTP比对、HMMER搜索及结构域验证鉴定家族成员;采用生物信息学工具进行理化性质、系统进化、染色体定位、基因结构、保守基序及蛋白互作预测;利用转录组数据分析组织及时序表达谱。从油桐中鉴定出53个VfU-box基因,除VfU-box29A和VfU-box24外,其余51个U-box基因共定位在10条染色体上;VfU-box蛋白的氨基酸长度在283~1041,且大部分为不稳定的亲水性蛋白;基于结构域分析,该基因家族被分为4个亚组,除核心U-box结构域外,VfU-box基因家族的结构中还包含其他重要结构域;VfU-box基因(VfU-box17、VfU-box29B和VfU-box49)表达具有明显的组织特异性;蛋白的相互作用分析验证了U-box基因参与蛋白泛素化及降解过程(VfU-box25蛋白和VfU-box29B蛋白)。本研究明确了油桐U-box基因家族的基因组特征、表达模式及核心功能,发现VfU-box29B在根茎中组成型高表达、花发育后期显著富集及其在泛素化互作网络中的核心地位,揭示其可能作为调控油桐生长发育的关键候选基因。
周芳;周子寒;刘新沂;邵鑫;张岚;张文静;焦春燕;施季森;陈金慧;王占军
合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601南京林业大学林草学院,林木遗传育种全国重点实验室,南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037南京林业大学林草学院,林木遗传育种全国重点实验室,南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037合肥师范学院生物与食品工程学院,安徽合肥230601 南京林业大学林草学院,林木遗传育种全国重点实验室,南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037
农业科技
油桐U-box基因家族全基因组
《西北林学院学报》 2026 (4)
P.21-34,14
林木遗传育种全国重点实验室开放课题(TGBOP2025026)安徽省中青年教师培养行动项目:学科(专业)带头人培育项目(DTR2025038)安徽省教育厅科学研究重点项目(自然科学类)(2025AHGXZK30920)大学生创新创业训练计划项目(202514098070,202514098045,S202514098099,S202514098109)。
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