太白贝母叶绿体基因组密码子偏好性分析OA

为分析百合科药用植物太白贝母叶绿体基因组密码子使用模式及影响因素,利用Codon W 1.4.2、MEGA和cusp在线程序计算密码子相关参数,并进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot及最优密码子分析。结果表明:太白贝母叶绿体基因组密码子不同位置GC含量存在差异,平均值大小顺序45.47%(GC_(1))>37.54%(GC_(2))>28.80%(GC_(3)),均小于50%,第3位碱基组成与前2位碱基差异较大,表明太白贝母叶绿体密码子偏好以A或U结尾。有效密码子数(ENC)介于39.32~58.79,平均值48.98,远大于35.00,表明密码子偏好性较弱。中性绘图分析、ENC-plot、ENC比值频数分布及PR2-plot分析均表明,自然选择是影响太白贝母叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素。最终筛选出15个最优密码子,均以A或U结尾,分别为GCU、UGU、GAU、GAA、GGU、AUU、AAA、UUA、CCU、CAA、CGU、AGU、UCU、ACU和GUA。