基于全基因组SNP的广东地方猪遗传独特性与商品猪基因渗入风险评估OA

为系统评估广东地方猪品种的遗传资源现状及商品猪基因渗入程度,本研究对5个广东地方猪品种(粤东黑猪、梅花猪、粤中大花白猪、蓝塘猪、两广小耳花猪,共48头)、3个商品猪品种(杜洛克猪、长白猪、大白猪,共43头)及7头外群米沙鄢野猪(Sus cebifrons)的全基因组SNP数据进行了遗传多样性与基因渗入分析。主成分分析(PCA)、祖先成分推断(ADMIXTURE)和邻接法系统发育树(NJ树)分析结果一致表明,广东地方猪与商品猪之间存在清晰的遗传分化,且广东地方猪自成一个独立的遗传类群;其中粤东黑猪内部存在显著的遗传分化,个体基因组由两广小耳花猪、杜洛克猪等多种祖先成分混合构成,呈现高度异质性。遗传多样性评估表明,广东地方猪的核苷酸多样性(π=0.002229~0.002885)整体高于商品猪(π=0.001693~0.001973),其中粤东黑猪的π值最高(0.002885),提示其保留了较为丰富的变异。基于连续性纯合片段估算的近交系数(F_(ROH))均值在广东地方猪中为0.131~0.273,显著低于商品猪的0.357~0.449,广东地方猪的连锁不平衡(LD)衰减普遍快于商品猪品种,反映出地方猪较低的人工选育强度与较高的遗传多样性储备。为校正参考基因组偏倚,采用基于外群重新极化的Dsuite D统计量分析,在无偏倚的(大白猪×长白猪、地方猪、外群)拓扑下,发现粤中大花白猪存在显著的大白猪基因渗入信号(D=0.0196,校正P=5.41×10^(-3)),两广小耳花猪和蓝塘猪存在渗入趋势但未达多重校正显著性,粤东黑猪和梅花猪未检测到显著渗入。上述结果表明,广东地方猪具有独特的遗传背景和丰富的多样性,但部分品种已受到商业猪种的不同程度基因渗入,建议依据品种遗传特点实施分级保护:对粤东黑猪应重点维系其群体内的亚群多样性;对已检出渗入信号的粤中大花白猪等品种需警惕外血引入导致的遗传独特性削弱,适时开展基因组辅助保种。