不同物种来源黑色素瘤细胞系的人同源驱动基因IGV分析OA

犬和马黑色素瘤被认为是人类黑色素瘤的理想比较肿瘤学模型,为阐明不同物种间黑色素瘤的分子遗传保守性,本试验通过对6株犬黑色素瘤细胞系和3株马黑色素瘤细胞系进行全外显子组测序(WES),利用整合基因组浏览器(IGV)对测序数据进行可视化分析,以探究人类黑色素瘤驱动基因在犬和马黑色素瘤细胞系中变异位点的真实性以及同源突变情况。结果显示,犬和马黑色素瘤细胞系中检出的突变涉及多种人同源驱动基因,这些基因编码的蛋白广泛富集于丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路[如神经母细胞瘤大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物(NRAS)、Kirsten大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物(KRAS)、猫肉瘤病毒致癌基因v-kit同源物(KIT)]、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)通路[如磷酸酶与张力蛋白同源物(PTEN)]和细胞周期调控[如细胞周期蛋白D1(CCND1)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、肿瘤蛋白p53(TP53)]等关键致癌通路。物种间突变同源性比对结果显示,在犬黑色素瘤细胞系cRGO1和cRGO1.2中检出人类黑色素瘤细胞系MM127同源的NRAS基因G13R突变,在犬黑色素瘤细胞系Mel1268中检出2例人类皮肤恶性黑色素瘤病例同源的神经纤维瘤蛋白1(NF1)基因E2578^(*)突变,在犬黑色素瘤细胞系Mel1268和Mel0910中检出1例人类皮肤恶性黑色素瘤病例同源的真核翻译起始因子1A X连锁(EIF1AX)基因Y84=突变。结果表明,犬和马黑色素瘤细胞系在肿瘤发生相关信号通路层面与人类黑色素瘤具有一定相似性,从分子层面支持了其作为人类黑色素瘤动物模型的研究价值。