红掌转录组SSR位点表征及分子标记开发OA

【目的】通过转录组测序挖掘红掌SSR位点,开发多态性EST-SSR分子标记,为红掌种质资源评价、遗传图谱构建及分子育种提供可靠的工具支撑。【方法】利用Illumina对5个不同花色的红掌品种佛焰苞进行转录组测序,再采用MISA对SSR位点进行筛选,并统计其类型、频率及分布特征。利用Primer 3.0设计EST-SSR引物,随机选取120对引物,经3个代表性品种初筛后,对22个红掌品种进行PCR扩增,并计算多态性信息含量(PIC)。最后,基于NTSYSpc2.10e的非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,验证EST-SSR标记的有效性。【结果】红掌转录组测序获得22381条Unigenes(总长34872210 bp),从中检测出11324个SSR位点,分布于7705条Unigenes中,出现频率为50.60%,平均分布距离为3.08 kb。SSR位点中优势重复基序为单核苷酸(24.55%)、二核苷酸(46.41%)和三核苷酸(27.69%),核苷酸优势重复类型为A/T(21.59%)、AG/CT(37.73%)、AC/GT(6.30%)。SSR位点长度主要集中在12~20 bp,重复次数以5~12次为主。对含有SSR位点的7705个Unigenes设计引物,共获得7456对EST-SSR引物。随机筛选120对EST-SSR引物进行多态性检测,其中107对成功扩增(成功率89.17%),其中75对引物具有多态性,进一步筛选条带清晰的20对引物,并以22个红掌品种DNA为模板对其进行有效验证,获得16对高多态性引物(PIC>0.5000),这些引物对22个红掌品种表现出良好的区分能力,可将红掌品种分为四大类群,与传统形态学分类结果一致。【结论】红掌转录组SSR位点丰度和多态性均较高,可作为高效分子标记开发来源。开发的EST-SSR分子标记具有多态性高、稳定性好等特点,为红掌种质资源评价、遗传图谱构建和分子标记辅助育种提供了有效工具,有助于后续红掌重要观赏性状的遗传解析和品种改良。