黑鲷TRAF1基因克隆、SNP位点筛选及其与耐低温性状的关联分析OA

为探究肿瘤坏死因子受体相关因子(tumor necrosis factor receptor-associated factor,TRAF)基因家族中TRAF1与黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)耐低温性状的关联及作用,本研究通过RACE技术克隆获得了黑鲷TRAF1基因的cDNA全长序列,利用软件生物信息学分析其基因结构,并通过实时荧光定量PCR法分析其在黑鲷各组织的表达量以及低温胁迫下在部分组织中的表达模式,初步探究TRAF1基因的相关功能。从耐受组与敏感组中筛选与耐低温相关的黑鲷TRAF1基因SNP位点。结果显示,黑鲷TRAF1基因c DNA全长为3528 bp,包含5′UTR(93 bp)、ORF(1566 bp)和3′UTR(1869 bp),共编码521个氨基酸,有1个环指结构域和MATH结构域。TRAF1基因在黑鲷肝脏、脑、肌肉、鳃、肾、心脏和肠各组织中均有表达,其中,在肾脏中的表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05);低温胁迫下,与对照组相比,黑鲷TRAF1基因在心脏、脾、肌肉、脑和肝脏组织中均呈现低温耐受组表达量升高、低温敏感组表达量降低的情况。通过比较耐受组和敏感组黑鲷TRAF1基因的DNA序列,共发现16个SNP位点,其中,2个SNP位点位于外显子区域,14个位于3′UTR区,位于编码区的SNP g.5862位点和位于非编码区的SNP g.7827位点以及SNP g.8229位点的GG基因型与黑鲷的耐低温性状显著相关(P<0.05);实时荧光定量PCR检测显示,黑鲷TRAF1基因3个SNP位点上,每个SNP位点的3种基因型中,GG基因型的表达量均显著高于另外2种基因型(P<0.05),可作为黑鲷耐低温性状分子标记辅助育种的候选标记。