黧蒴锥近端粒到端粒(T2T)水平的基因组组装与注释OA

[目的]构建黧蒴锥的高质量参考基因组,为解析锥属复杂的系统发育关系提供参考。[方法]结合PacBio HiFi第三代长读长测序与Hi-C染色构象捕获技术,利用Hifiasm软件构建黧蒴锥基因组草图,并使用HapHiC软件进行染色体挂载。[结果]成功构建了黧蒴锥近端粒到端粒(T2T)水平的高质量基因组图谱。组装结果显示,基因组总长为802.98 Mb,重叠区N50高达59.36 Mb,支架N50为69.74 Mb。该基因组组装质量完整性极高,仅包含3个缺口,其中10条染色体实现了无缺口组装,共有序列质量值高达58.54,且完整鉴定了24个端粒和12个着丝粒。基因组注释分析表明,重复序列占比53.03%,其中长末端重复序列(LTR)占比最高,为29.49%。结构注释共鉴定出35 865个蛋白编码基因,基因集的BUSCO评估完整性为99.00%,功能注释率达97.98%。[结论]该基因组不仅为解决锥属内复杂的系统发育冲突及网状演化提供了高质量参考,也为黧蒴锥的分子育种、抗逆基因挖掘及生态修复应用奠定了坚实的遗传学基础。