紫花苜蓿pPLA基因家族的生物信息学及表达模式分析OA

【目的】分析紫花苜蓿pPLA基因家族的生物信息学及表达模式,筛选诱导紫花苜蓿单倍体的候选pPLA基因。【方法】利用紫花苜蓿基因组数据库及多种生物信息学软件对MspPLA基因家族进行鉴定和分析,并利用qRT-PCR分析了其在不同器官中的表达模式,通过进化树和表达模式分析,获得诱导紫花苜蓿单倍体的候选pPLA基因。【结果】1)从紫花苜蓿基因组数据库中筛选并鉴定到12个MspPLA基因,分布于不同的染色体中;2)在12个MspPLA蛋白中,11个为稳定性亲水蛋白,亚细胞定位显示2/3的pPLA蛋白定位于叶绿体中;MspPLA家族共含有10个Motifs,除了MspPLA6外,其余蛋白均含有7个保守的Motifs,且MspPLA1/2/4/12含有特异的Motif7;MspPLA家族含有4个pPLA保守结构域;系统进化分析将其分为3个亚组,且MspPLA1/2/4/12与其他物种中能诱导单倍体的pPLA蛋白聚为一类;3)qRT-PCR分析显示,多数MspPLA基因(包括MspPLA1/2/3/4/5/6/7/9/12)在花序和荚果中有较高的相对表达量,MspPLA8/11和MspPLA10分别在根和叶片中的相对表达量最高。【结论】结合系统进化和表达模式分析,可将MspPLA1/2/4/12作为诱导紫花苜蓿单倍体的候选基因。