基于转录组测序分析湖羊波浪形羔皮形成的关键基因OA

旨在对湖羊4/4直毛和4/4波浪形羔皮进行转录组测序,以分析影响羔皮性状的关键基因。采集4/4直毛和4/4波浪形羔皮羊的体侧部皮肤组织(n=4),提取总RNA进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并进一步开展KEGG通路的基因集富集分析(GSEA)及DEGs的转录因子预测。对7个DEGs进行实时荧光定量PCR验证(qRT-PCR),同时比较DEGs在不同花案面积个体羔皮直毛和波浪处的表达。结果显示,4/4直毛和4/4波浪形羔皮中共筛选出315个DEGs(阈值log2FC≥1且FDR<0.05),其中波浪形羔皮中274个基因下调,41个基因上调。GO分析发现,DEGs主要富集在细胞外结构组织、细胞外基质和整合素结合等3771个条目;KEGG分析显示,DEGs主要富集在细胞黏附分子、PI3K-AKT信号通路和RAS信号通路等209条通路。GSEA显示,DEGs主要与组氨酸代谢、肾素分泌和蛋白质消化吸收等通路相关;与4/4直毛形羔皮相比,富集到的与毛囊有关的RAS、PI3K-AKT和RAP1信号通路在4/4波浪形羔皮中呈下调趋势;转录因子预测发现编码转录因子(TFs)的差异基因共12个,其中上调基因2个,下调基因10个,主要包括SRY相关高迁移率族盒(SOX)、叉头框(FOX)和T盒(T-box)等TFs家族。qRT-PCR结果显示,筛选出的7个与羔皮性状相关的基因表达趋势与转录组测序结果一致,且IGF1和MFAP5基因在不同花案面积个体羔皮波浪处的表达量显著低于直毛处。综上,筛选出的AEBP1、IGF1、MMP27、MFAP5、RPTN、SPI1和THY1可作为影响羔皮性状的重要候选基因,为进一步解析湖羊波浪形羔皮形成的分子机制奠定基础。