山东省青岛地区鸡源鸭疫里默氏杆菌流行病学特征、耐药性及全基因组分析OA

为明确山东省青岛市鸡源鸭疫里默氏杆菌(RA)的流行病学特征和生物学特性,2024年4月至11月,从青岛地区多个规模化养鸡场采集269份病死鸡组织样品,经分离培养、PCR鉴定获得鸡源RA分离株;采用K-B药敏纸片法检测耐药性,通过玻片凝集试验进行血清学分型;基于牛津纳米孔技术对代表性分离菌株S3进行全基因组测序,使用Proksee绘制基因组圈图,结合COG、GO、KEGG数据库开展基因功能注释,利用CARD、ResFinder、VFDB数据库预测耐药基因与毒力基因,通过CGE平台MLST 2.0工具完成多位点序列分型(MLST)。结果显示,从269份病死鸡样品中共分离到58株RA,总分离率为21.56%(58/269)。分离菌进行血清分型和药敏试验,鉴定出1型94.83%(55/58),6型5.17%(3/58),1型为优势血清型;分离菌对替米考星(72.41%)和磷霉素钠(60.34%)耐药率最高,对大观霉素、氟苯尼考无耐药性。腿肌分离株S3全基因组大小为2 318 094 bp,编码2 656个基因,COG、GO、KEGG注释基因分别为1 223、147、757个,涉及生物合成与代谢通路;预测到5种耐药基因和12种毒力基因,MLST分型为96ST变异型。阐明了青岛地区鸡源RA的流行现状、耐药特征及基因组背景,为该地区鸡群RA的精准防控、疫苗研发及合理用药提供了重要科学依据。