白花紫金牛叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析OA
以白花紫金牛(Ardisia merrillii)叶绿体基因组为研究对象,进行序列特征和系统发育关系分析.使用高通量测序技术进行测序,利用生物信息学相关软件完成其组装、注释和特征分析,并构建系统发育树.结果表明,白花紫金牛叶绿体全基因组的全长为156 746 bp,总GC含量为37.1％.共注释到132个基因,蛋白编码基因、tRNA基因、rRNA基因分别为87、37、8个.序列分析鉴定出60个SSR位点,主要为A/T碱基;在白花紫金牛中共检测到54个长重复序列.密码子偏好性分析显示,自然选择是影响其使用偏好性的主要因素.从白花紫金牛叶绿体基因组中共筛选出19个最佳密码子,以U结尾最多,有11个.从紫金牛属中筛选到4个高变异区域,分别为trnT-psbD、rpl32-trnL、trnL-ndhB和ndhB-trnL,具有潜在的用于分子鉴定的价值.系统发育分析显示,白花紫金牛与矮短紫金牛、虎舌红和百两金的亲缘关系较近.
周永鑫;王悦云;郎云虎;魏升华;叶娟;简应权;严福林
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农业科技
白花紫金牛叶绿体基因组密码子偏好性系统发育高通量测序生物信息学分析
《江苏农业科学》 2026 (11)
48-57,10
贵阳市科技计划(编号:[2022]3-9)贵州省科技计划(编号:黔科中引地[2022]4016)贵州省农业农村厅中药材现代产业体系项目(编号:GZYCTX 2025).
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