基于单细胞转录组测序构建鸡小肠单细胞图谱OA

以单只13周龄湘佳黄鸡2号为试验材料,借助单细胞转录组测序技术,从细胞层面对鸡十二指肠、空肠和回肠3个小肠肠段开展细胞类型解析,系统构建鸡小肠单细胞图谱;基于该图谱进一步开展功能富集分析、细胞通讯关系推断和上皮细胞拟时序分析等。结果表明:鸡小肠上皮黏膜层由12种细胞类型构成,包括B细胞、簇细胞、树突状细胞、内皮细胞、肠内分泌细胞、红细胞、杯状细胞、增殖细胞、成纤维细胞、T细胞、浆细胞和肠上皮细胞等。各细胞类型在不同小肠肠段中的占比不同,肠上皮细胞是营养物质吸收的核心功能细胞,在十二指肠中占比相对较大,表明在小肠中十二指肠可能是进行养分吸收的重要器官。在3个小肠肠段中,T细胞、B细胞和浆细胞等免疫细胞占比均较大,表明鸡小肠细胞的免疫应答在小肠营养代谢及微生物互作上具有重要作用。各细胞类型的差异基因功能富集分析结果与细胞注释结果一致。肠内分泌细胞与簇细胞之间存在较强的配受体通讯信号,表明其可能在维持小肠黏膜上皮细胞稳态中发挥重要作用。肠上皮细胞进一步可分为肠道干细胞、APOB+肠上皮细胞、FABP1/2+肠上皮细胞、免疫相关肠上皮细胞、ESRRG^(+)肠上皮细胞、MZB1^(+)肠上皮细胞、APOA1^(+)肠上皮细胞和BEST4^(+)肠上皮细胞等8个亚群,鉴定出ESRRG、FABP1、FABP2、PTPRF和FTH1为肠上皮细胞分化相关的基因,免疫相关肠上皮细胞、APOB^(+)肠上皮细胞、MZB1^(+)肠上皮细胞和FABP1/2^(+)肠上皮细胞可能与坏死性肠炎相关。