21种贝母属植物叶绿体基因组密码子使用偏好分析OA

为分析贝母属植物叶绿体基因组密码子使用偏好性,探究其密码子使用模式及影响因素,运用CodonW1.4.4和CUSP在线软件计算贝母属21个物种的叶绿体基因组密码子相关参数,并绘制相应的统计图。结果表明,贝母属叶绿体基因组具备A/U偏好性,与双子叶植物共性一致。中性绘图斜率(0.45~0.52)表明自然选择与突变压力共同作用,ENC-plot中超过50%基因点位于标准曲线下方,且PR2-plot显示第三位碱基T>A、G>C的失衡,共同支持自然选择为主导因素。RSCU热图聚类显示,近缘物种具有高度相似的密码子使用模式;筛选出10个共有最优密码子,全部以A/U结尾,与A/U偏好性高度一致。该研究结果为深入理解贝母属叶绿体基因组的进化机制、分子系统发育重建提供科学依据。