海南省31株人源猪链球菌基因组特征分析OA

目的全面解析中国海南省临床分离猪链球菌(Streptococcus suis)的群体基因组特征,包括序列分型(ST)、毒力因子、抗菌药物耐药(AMR)基因及可移动遗传元件(MGEs)的分布与关联,为当地感染的防控提供科学依据。方法对2016—2023年海南省分离的31株人源猪链球菌进行耐药表型检测、全基因组测序和生物信息学分析。采用多位点序列分型(MLST)进行分子分型,利用VFDB和CARD数据库分别预测毒力因子和AMR基因,使用ICEscreen工具识别MGEs并分析其与AMR基因的共定位情况。结果31株菌株被鉴定为3种ST型(ST1、ST7和新型ST2821),呈现开放的泛基因组特征。优势血清型为2型(61.29%)和14型(35.48%),其中血清型14型ST7的流行率显著高于其他地区。共鉴定出41种毒力因子,其中22种为核心毒力因子;一株血清型5型ST2821菌株(HN028)表现出独特的毒力谱(缺失epf和cps基因簇,sly基因双拷贝)。所有菌株均携带≥2种AMR基因。共识别出10类MGEs,ICEs(特别是ICE_Tn5252)是AMR基因的主要载体(共携带35个AMR基因),并观察到ICEs与IMEs形成嵌套复合体,提示其具有活跃的水平转移潜能。结论海南省流行猪链球菌具有独特的种群结构,血清型14型ST7可能为文昌市和三亚市的优势克隆。MGEs介导的耐药基因广泛传播是重大风险。监测高流行克隆株及MGEs的进化对于有效防控至关重要。