新疆北疆葡萄病毒和类病毒组分析与分子鉴定OA

为明确新疆北疆地区葡萄病毒和类病毒的发生情况,采集葡萄幼嫩叶片,用LncRNA测序技术从4个混合和6个单株样本中获得病毒及类病毒序列,共鉴定出分属于7个病毒科、9个病毒属的11种植物病毒和1个类病毒科、2个类病毒属的3种类病毒,首次证实了葡萄蚕豆萎蔫病毒(grapevine fabavirus,GFabV)、葡萄双生病毒A(grapevine geminivirus A,GGVA)、葡萄叶脉羽化病毒(grapevine rupestris vein feathering virus,GRVFV)和黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在新疆葡萄产区的发生。采用RT-PCR技术,检测北疆主要葡萄种植区石河子和昌吉5个葡萄栽培品种共117个样本。结果表明,采集葡萄样本中葡萄浆果内坏死病毒(grapevine berry inner necrosis virus,GINV)的检出率最高,达73.5%,检出率最高的类病毒是啤酒花矮化类病毒(hop stunt viroid,HSVd),高达88.9%。不同品种感染的病毒种类及优势病毒不同,其中鲜食葡萄‘无核白’感染病毒种类最多,感染了本研究中发现的全部11种病毒和3种类病毒。同时,复合感染在葡萄样本中普遍存在,95.7%的样本存在病毒与类病毒的复合感染,其中感染5种以上(类)病毒的样品有60份,最主要的复合侵染类型为GINV+葡萄灰比诺病毒(grapevine Pinot gris virus,GPGV)+沙地葡萄茎痘相关病毒(grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPaV)+HSVd,占比为35.0%。近几年新发现的病毒GPoV-1在石河子鲜食和酿酒葡萄中均能检测到,在昌吉酿酒葡萄中暂未检测到。全长或近全长病毒序列的系统进化发育表明GINV、GRSPaV、GPGV和葡萄黄斑类病毒1(grapevine yellow speckle viroid 1,GYSVd-1)存在较多的分离株,GINV和GPGV存在地理相关性,其余病毒分离株序列差异较大,无地理相关性。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与插入缺失变异(insertion-deletion,Indel)分析表明,所有病毒与类病毒都存在较高的遗传变异,在新疆葡萄园内类病毒偏好于Indel,而病毒偏好于单碱基变异。