真核翻译延伸因子1A1基因敲低心肌细胞可变剪接情况分析OA

目的分析真核翻译延伸因子1A1(EEF1A1)基因敲低心肌细胞可变剪接(AS)情况,探讨EEF1A1在心血管疾病发生发展中的潜在作用机制。方法取对数生长期小鼠心房心肌细胞系HL-1分为Si-1组、Si-2组、Si-3组及siNC组,分别转染针对EEF1A1基因的siRNA序列(Si-1:Eef1a1-Mus-691,Si-2:Eef1a1-Mus-1310,Si-3:Eef1a1-Mus-1400)及阴性对照siRNA(siNC),转染48 h时分别采用RT-qPCR法、Western blotting法检测细胞EEF1A1 mRNA与蛋白,验证敲低效果,选择转染后敲低效率最高且最稳定Si-2为后续转染序列。取对数生长期HL-1细胞,分为A、B组,分别转染si-NC、Si-2,采用高通量RNA进行全基因组测序,采用HISAT2(v2.1.0)软件分析AS位点,采用ABLas程序进行AS事件分类,采用Students’s t检验分析差异AS基因(DASGs);对DASGs进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,分析其生物学功能。结果两组共检测到AS位点325483个,其中已知156560个、新发168923个;共检出AS事件57724个,其中已知23636个、新发34088个,事件类型主要为内含子保留、可变5’剪接位点及可变3’剪接位点等。与B组相比,A组差异AS事件533个,其中上调273个、下调260个,对应DASGs 456个。GO富集分析结果显示,在生物过程中DASGs显著富集于蛋白质泛素化及多泛素化、细胞对DNA损伤刺激的反应及DNA修复等过程;在细胞组成中DASGs主要定位于细胞核、核质、细胞骨架及微管中;在分子功能中DASGs涉及蛋白质结合及泛素化相关的酶活性。KEGG通路富集结果显示,DASGs显著富集信号通路主要包括泛素介导的蛋白水解及内质网蛋白加工。结论EEF1A1在心肌细胞中可能主要通过调控以内含子保留为主的AS模式,参与维持心肌细胞蛋白质的质量控制和基因组稳态。