环状RNA的ceRNA网络分析揭示HLA-DRA与结直肠癌肝转移的相关性OA

结直肠癌是全球第三大常见癌症,其肝转移显著影响患者预后,本研究通过生物信息学手段构建基于circRNA的竞争性内源RNA(Competing endogenous RNA, ceRNA)网络,探讨其在结直肠癌肝转移中的作用及与免疫浸润的相关性,并寻找潜在的生物标志物。从GEO数据库下载无肝转移和肝转移结直肠癌患者的原位组织基因表达数据,使用R包筛选差异表达基因,包括circRNA, miRNA和mRNA,并通过CSCD数据库预测circRNA-miRNA相互作用,结合miRTarBase和TargetScan数据库预测miRNA-mRNA互作,利用Cytoscape 3.8.0构建ceRNA网络。利用Metascape对差异表达的mRNA进行功能富集分析,并对核心基因进行免疫浸润分析,探索ceRNA网络调控肿瘤进程的免疫机制,最后通过TCGA数据库验证关键基因的表达水平与结直肠癌肝转移的相关性。共筛选出差异表达的109个circRNA,114个miRNA,104个mRNA,构建了含有差异表达的5个circRNA,5个miRNA和4个mRNA的ceRNA网络。GO和KEGG富集分析显示,该网络中mRNA主要参与白细胞活化调节和免疫反应路径。免疫浸润分析表明,4个节点基因的表达水平均与免疫浸润分数呈正相关,其中主要组织相容性复合体Ⅱ类DR α (Major Histocompatibility Complex、Class Ⅱ、DR Alpha、HLA-DRA)与其相关性最强。TCGA数据库的进一步验证结果显示HLA-DRA高表达时结直肠癌肝转移率低。本研究提示HLA-DRA可能是预测结直肠癌肝转移的潜在生物标志物,可能为其临床诊断和未来分子靶向药物的开发提供方向。