基于流式细胞术和基因组Survey的茜草基因组大小测定及特征分析OA
目的测定茜草的基因组大小并分析其特征。方法以番茄为内参,流式细胞术测定茜草基因组大小;基因组Survey分析获得茜草基因组大小、杂合率、GC含量等生物学信息。结果流式细胞术估算茜草基因组大小约为1.72 Gb。通过Survey分析获得茜草的高质量数据为23.7 Gb,估算茜草基因组大小约为1.60 Gb。根据K-mer分布情况,估算茜草重复序列比例为20.24%,杂合率为0.89%,基因组GC含量为37.59%。从基因组结构特征分析来看,茜草基因组属于低重复、高杂合基因组。结论本实验初步确定了茜草基因组大小约为1.60~1.72 Gb,为进一步绘制茜草全基因组图谱奠定了基础,可为后续开展全基因测序时的策略选择提供理论参考,也为茜草品种选育、规模化种植提供科学依据。
李文文;练从龙;郭晨宁;蒙丹丹;陈随清
河南中医药大学药学院,河南省中药资源与中药化学重点实验室,豫药全产业链研发河南省协同创新中心,河南郑州450046河南中医药大学药学院,河南省中药资源与中药化学重点实验室,豫药全产业链研发河南省协同创新中心,河南郑州450046河南中医药大学药学院,河南省中药资源与中药化学重点实验室,豫药全产业链研发河南省协同创新中心,河南郑州450046河南中医药大学药学院,河南省中药资源与中药化学重点实验室,豫药全产业链研发河南省协同创新中心,河南郑州450046河南中医药大学药学院,河南省中药资源与中药化学重点实验室,豫药全产业链研发河南省协同创新中心,河南郑州450046
医药卫生
茜草基因组流式细胞术K-mer分析
《中成药》 2026 (6)
P.2111-2115,5
河南省创新生态支持专项项目(豫财科[2024]8号)。
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