西藏羊miR-409-3p分子特征及其关键靶基因筛选和功能分析OA

试验旨在通过分析miR-409-3p的结构特征、保守性及其在西藏羊各体组织的表达水平,关键靶基因、靶蛋白互作效应以及预测 miR-409-3p 与关键靶基因的结合位点,解析西藏羊 miR-409-3p 的分子作用机制.利用 miRBase 数据库和 NCBI 提供的 BLAST 模块进行 miR-409-3p 绵羊基因组定位及保性分析;miRDB、Targetscan 和 Micro T 预测西藏羊 miR-409-3p 的靶基因并取交集,微生信在线平台对预测靶基因进行 GO和 KEGG 富集分析;STRING 在线平台和 Cytoscape 软件构建蛋白互作网络(PPI),并筛选关键靶基因;RNAhybrid 软件预测 miR-409-3p 与关键靶基因结合位点;GEO 数据库获取 miR-409-3p 在西藏羊各组织表达水平的非编码 RNA 高通量测序读数,并将其 TPM 归一化处理,用以构建组织表达谱.结果发现,miR-409-3p 位于绵羊 18 号染色体上,位于基因 LOC105606646 的 3-'UTR 区域,长度为 23 nt,呈发夹状结构,种子序列为 AAUGUUG,且在不同物种间高度保守;预测共获得 86 个靶基因,GO 和 KEGG 富集分析显示,靶基因参与极性上皮的形态发生、组织极性建立等细胞增殖、迁移和形态变化生物过程,以及细胞器膜整合成分和蛋白乙酰转移酶结合、细胞-细胞黏附介质活性等分子功能,并参与多梳抑制复合体、血管加压素调控水重吸收、Wnt 信号通路、泛素介导蛋白水解等信号通路;PPI 分析共筛选到UBQLN2、UBE2N、MATR3和UBE2D2等 4 个关键基因,且 miR-409-3p 与关键靶基因存在结合位点;组 织 表 达 谱 显 示,miR-409-3p在西藏羊肾脏中的表达量极显著高于脾脏、肝脏、肺脏、胸肌和心脏.综上,西藏羊 miR-409-3p 通过靶向UBQLN2、UBE2N、MATR3和UBE2D2 等关键基因参与调节内质网蛋白质加工、泛素介导蛋白水解等信号通路,在高原低氧环境下发挥生物学功能.