基于BSA重测序的花生侧枝生长习性基因定位OA

对控制花生侧枝生长习性的基因进行初定位,有助于研究花生倒伏性、结荚特性,为花生株型遗传改良及品种种植模式研究提供理论支撑.以匍匐型花生品种Tifrunner和直立型品种开农616为亲本构建的F2代群体为材料,利用集群分离分析法(BSA)对双亲及极端池共4个样本进行重测序,通过ΔSNP-index/ΔInDel-index算法,获得控制侧枝生长习性基因的候选区间和位点,对候选基因进行功能注释.杂交组合(Tifrunner ×开农616)F1代均为半匍匐型,获得包含376个单株的F2代群体.质控后获得149 467个变异位点,包含127 806个SNP和21 661个InDel,二者均在A03号染色体上分布最多,B02号染色体上分布最少.通过Δ(SNP_index)值算法获得全基因组内B05号染色体上的2个关联区间36.73～39.35、150.83～159.40 Mb,长度分别为2.62、8.57 Mb,前者区间内无大效应变异位点,后者区间内有11个SNP和2个Indel位于基因的外显子上,其中5个SNP引起了非同义突变、1个SNP造成终止突变、2个Indel引起了插入移码突变.经注释共获得7个候选基因,涉及MADS-box转录因子、F-box结构域的蛋白、1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶等.初步将控制花生侧枝生长习性的基因定位在B05染色体的8.57 Mb区段内,可为花生理想株型育种提供理论支持.