面向亲和富集-质谱分析通用需求的生物信息学分析平台OA
亲和富集-质谱(affinity purification-mass spectrometry,AP-MS)技术是解析蛋白质-蛋白质相互作用的重要手段。随着质谱仪器性能的持续提升,高质量AP-MS数据得以快速积累,然而,相应数据分析工具的开发和更新尚未与之同步。为此,本研究构建了一款多功能数据分析R语言包——APMSflow,其封装了常见的处理蛋白质组学数据的函数,用户无需重复写代码,即可高效处理AP-MS数据。该工具集成了质量控制、数据预处理、差异分析、下游功能分析、蛋白质互作网络和预测等多个模块,覆盖了AP-MS数据分析的核心流程。APMSflow设计旨在助力提升对质谱数据的处理能力,为深入解析蛋白质相互作用及重建蛋白质复合物网络提供便捷、高效的解决方案。
张骞宁;何岸;李元;柯弥;田瑞军
南方科技大学理学院化学系,广东深圳518055 深圳市功能蛋白质组学重点实验室,广东深圳518055南方科技大学理学院化学系,广东深圳518055 深圳市功能蛋白质组学重点实验室,广东深圳518055南方科技大学理学院化学系,广东深圳518055 深圳市功能蛋白质组学重点实验室,广东深圳518055南方科技大学理学院化学系,广东深圳518055 深圳市功能蛋白质组学重点实验室,广东深圳518055南方科技大学理学院化学系,广东深圳518055 深圳市功能蛋白质组学重点实验室,广东深圳518055
化学化工
亲和富集-质谱(AP-MS)蛋白质-蛋白质相互作用数据分析
《质谱学报》 2026 (3)
P.456-463,I0005,9
深圳市重点实验室项目基金(ZDSYS20230626090803004)。
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