菊花HSF基因家族鉴定及表达分析OA
对菊花热休克转录因子(HSF)家族进行鉴定与生物信息学分析,通过BLAST工具比对菊花HSF蛋白,借助NCBI CDD、InterPro与SMART等在线网站进一步筛选.运用多种工具进行分析:用Expasy-ProtParam分析理化性质;用MEGA 11.0构建进化树;用Cell-Ploc、TBTools等分析亚细胞定位、染色体定位、基因结构和保守基序,并预测基因上游顺式作用元件;利用TBTools和Excel 2016分析并可视化呈现HSF基因在菊花不同组织及不同胁迫条件下的表达情况.结果显示,鉴定出的101个菊花HSF基因家族成员多位于细胞核,少数在细胞质和叶绿体;氨基酸数量为105～487,相对分子质量为12 325.78～55 994.06 u,等电点为4.46～9.55;分为三大亚族,101个HSF基因不均匀地分布于27条染色体;启动子区域含多种诱导元件,家族成员均含HSF结构域;CmHSF-69和CmHSF-70在根、茎、管状花花瓣和管状花雌蕊中表达量较高;链格孢菌、堀柄锈菌等病菌侵染及褪黑素处理下多数候选基因表达上调,低温时CmHSF-69和CmHSF-70表达大幅下降.由此得出结论,菊花HSF家族101个成员可分为三大亚族,具有不同基因结构和表达模式,共同参与调控菊花生长发育.
李会云;司润;王雪;钟敏;张延召;程彦伟;郭雪
洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000
农业科技
生物信息学菊花HSF基因家族表达分析
《江苏农业科学》 2026 (5)
38-51,14
河南省自然科学基金(编号:252300420210)河南省科技厅科技攻关项目(编号:242102110326)洛阳师范学院校级大学生创新创业训练计划(编号:202410482067).
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