基于SNP标记的宁都黄鸡群体遗传结构和选择信号分析OA

本研究以解析宁都黄鸡的遗传结构特征、评估其近交水平并挖掘群体内选择信号为目标,旨在为宁都黄鸡的种质资源保护和遗传改良提供科学依据.试验采用"京芯 1 号"鸡 55K SNP 芯片对 50 只宁都黄鸡进行全基因组扫描,并从 Figshare 数据库下载 6 个江西地方鸡种(各 20 只)的 SNP 数据,包括修水黄羽乌鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡、安义瓦灰鸡、康乐鸡和广丰白耳黄鸡.基于 7 个群体的 SNP 数据,开展邻接系统发育树构建、主成分分析、群体遗传结构解析(K=2～7)、群体间分化指数(Fst)与遗传距离计算、近交系数评估,以及宁都黄鸡群体内选择信号检测.结果发现,邻接系统发育树结果显示宁都黄鸡形成独立进化分支,主成分分析表明其与安义瓦灰鸡、广丰白耳黄鸡在主成分 1 和 2 存在部分重叠.群体遗传结构分析显示,当K=7 时,宁都黄鸡可被清晰界定为一个独立的遗传群体,这进一步证实了其具有独特的遗传背景.遗传分化分析揭示宁都黄鸡与崇仁麻鸡(Fst=0.12)、东乡绿壳蛋鸡(Fst=0.17)呈中等分化.遗传距离结果表明,这7 个群体间的遗传距离为 0.40～0.42.近交程度分析结果表明,宁都黄鸡群体近交水平较低.宁都黄鸡群体内选择信号分析鉴定到 73 个显著受选择区域,注释到 57 个功能基因,涉及神经免疫调节(CACNA1B)、肌肉发育(PAX3)和繁殖调控(ESR1)等重要经济性状通路.本研究从基因组层面阐明了宁都黄鸡的遗传特性,揭示了其独特的选择印记,为制定科学保种方案和开展分子育种提供了理论支撑.