基于SNP信息的广东小耳花猪分子系谱构建OA
本研究旨在从基因组层面分析现有广东小耳花猪的遗传多样性及群体结构并构建分子系谱,为其保种及开发利用提供科学依据.以 51 头健康的广东小耳花猪为研究对象,检测其单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)信息,通过观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态标记比例(PN)、连续纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)等指标并进行主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、系统发育树(Neighbor Joining,NJ)构建等,对广东小耳花猪的遗传多样性和群体结构进行评估.结果显示:通过靶向测序筛选共得到 10 203 个核心 SNPs,51 个样本共组成 1 275 对亲缘关系,平均亲缘系数为 0.03;保种群遗传背景较丰富:多态性标记比例为 0.46、最小等位基因频率为 0.12、期望杂合度为 0.36、观测杂合度为 0.36;遗传结构分析显示,广东小耳花猪保种群存在一定的聚类趋势,但未形成明显的分层;近交分析中,共检测到 35 个 ROH 片段,总长度为 73.38 Mb,平均长度为 1.44 Mb,基于 ROH 的平均近交系数为 0.000 63;个体间的遗传距离为 0.60～0.90,平均遗传距离为 0.72;分子系谱构建结果显示,51 头广东小耳花猪共分为9个家系.综上所述,广东小耳花猪群体没有出现明显分层,遗传多样性较高,近交程度较低.
麦子龙;祝媛媛;陈梓韬;黎世彬;戴景成;乐亦光;贾新正;胡伟;唐中林
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农业科技
广东小耳花猪SNP遗传多样性群体结构分子系谱
《中国畜牧杂志》 2026 (4)
112-117,6
国家重点研发计划(2023YFF1001100)中国农业科学院重大科技任务(CAAS-ZDRW202406)
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