荔枝LcGAMYB基因家族鉴定及矮化相关分子标记开发OA
Identification of the LcGAMYB Gene Family in Litchi chinensis and Development of Molecular Markers Associated with Dwarfing
矮化是荔枝重要的育种与栽培性状.本研究以矮化相关的候选基因LcGAMYB23为核心,基于前期QTL定位结果,系统评估MYB家族背景及其分子应用潜力.通过全基因组层面的生物信息学鉴定,共获得 151 个LcMYB家族成员.保守基序与结构域解析表明,所有成员均含Myb_DNA-binding结构域,表明该家族在荔枝中序列保守性较高.进一步克隆并比对 3 个乔化荔枝品种(9918、妃子笑、三月红)和 3 个矮化荔枝品种(糯米糍、鸭姆笼、紫娘喜)的LcGAMYB23 序列,发现两类材料在该基因上存在稳定的序列差异.基于差异单核苷酸多态性(single nucleotide po-lymorphism,SNP)位点设计分子标记,并在 70 个品种中验证,结果显示,该标记可在cDNA水平有效区分乔化与矮化类型,且在 DNA 水平判别结果一致.上述结果为荔枝矮化性状的分子分型与分子辅助育种提供了有效工具,并为LcGAMYB23的功能阐释奠定基础.
Dwarfism is a key trait for Litchi chinensis breeding and cultivation.Focusing on the candidate gene LcGAMYB23 implicated in dwarfism by prior quantitative trait locus(QTL)mapping,we evaluated the MYB transcription factor family background and its molecular application potential.A genome-wide bioinformatic survey identified 151 members of the LcMYB gene family.Conserved motif and domain analyses showed that all family members harbored the canonical Myb_DNA-binding domain,indicating high sequence conservation in litchi.We further cloned and sequenced LcGAMYB23 from three standard(non-dwarf)cultivars(9918,Feizixiao,FZX;Sanyuehong,SYH)and three dwarf culti-vars(Nuomici,NMC;Yamulong,YML;Ziniangxi,ZNX),and detected consistent sequence differences between the two groups.Based on the divergent single-nucleotide polymorphism(SNP)sites,we developed molecular markers and vali-dated them across 70 cultivars.The markers effectively discriminated standard versus dwarf types at the cDNA level,with concordant results at the genomic DNA level.The findings would provide practical tools for molecular typing and marker-assisted selection of dwarfism in litchi and lay the groundwork for functional elucidation of LcGAMYB23.
符书英;杨明超;陈丁;何玉坤;邓海达;陈哲;严婷婷;王祥和;胡福初
海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100||海南省农业科学院三亚研究院,海南 三亚 572000海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100||海南省农业科学院三亚研究院,海南 三亚 572000海南省农业科学院热带果树研究所/农业农村部热带果蔬遗传资源评价利用重点实验室(部省共建)/海南省热带果树生物学重点实验室/农业农村部海口热带果树科学观测实验站,海南 海口 571100||海南省农业科学院三亚研究院,海南 三亚 572000
农业科技
荔枝LcGAMYB23基因家族生物信息学分析分子标记
lycheeLcGAMYB23gene familybioinformatics analysismolecular marker
《热带作物学报》 2026 (3)
588-602,15
国家自然科学基金项目(No.32260743)海南省科技人才创新项目(No.KJRC2023C17)国家荔枝龙眼产业技术体系项目(No.CARS-32-21).
评论