槠叶齐茶树叶绿体基因组特征与进化分析OA
Chloroplast Genome Characteristics and Evolutionary Analysis of the Tea Plant Variety Zhuyeqi
本研究对茶树品种槠叶齐叶绿体基因组进行测序,并重点分析其结构特征、密码子偏好性及系统发育关系.结果显示:其叶绿体基因组全长 157 072 bp,共注释 135 个功能基因.研究发现其反向重复区(inverted repeat,IR)的GC含量最高(42.96%),并鉴定出clpP、ycf3等多个含内含子基因.密码子偏好性分析表明,槠叶齐叶绿体基因组的密码子偏好性较弱,且主要受自然选择主导(贡献率 86.6%),最优密码子多以A/U结尾,这一结果与突变压力预期不符.系统发育分析进一步证实,槠叶齐与普洱茶、白毛茶等栽培类型聚为一个高支持率的单系分支,存在密切的母系遗传关联.本研究为深入解析山茶科物种进化及叶绿体功能优化提供重要依据.
This study represents sequencing of the chloroplast genome of the tea plant variety Zhuyeqi,with a focus on analyzing its structural characteristics,codon usage bias,and phylogenetic relationships.The results revealed that its chloroplast genome had 157 072 bp,with 135 functional genes annotated.The GC content in the IR region was found to be the highest(42.96%),and several intron-containing genes,such as clpP and ycf3,were identified.Codon usage bias analysis indicated a relatively weak bias,primarily driven by natural selection(contribution rate of 86.6%).Optimal codons were mostly A/U-ending,deviating from expectations based on mutational pressure.Phylogenetic analysis fur-ther confirmed that Zhuyeqi formed a highly supported monophyletic clade with cultivated types such as Pu-erh tea and Baihao tea,demonstrating close maternal genetic relationships.This study would provide important insights into the evolution of Theaceae species and the functional optimization of chloroplast genomes.
曾文娟;张其湘;贺宁;刘雅;龚意辉;陈致印
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农业科技
茶树槠叶齐叶绿体基因组密码子使用偏好性系统发育
Camellia sinensisZhuyeqichloroplast genomecodon usage biasphylogenetic analysis
《热带作物学报》 2026 (2)
313-324,12
湖南省科技创新计划项目(No.2024RC8289)国家级大学生创新创业训练项目(No.202510553020X)省级大学生创新创业训练项目(No.S202510553039).
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