巨大侧耳Zn(Ⅱ)2Cys6型转录因子在Cd2+胁迫下的表达模式及其功能预测OA
Expression profiling and functional prediction of Zn(Ⅱ)2Cys6-type transcription factors in Pleurotus giganteus under cadmium stress
Zn(Ⅱ)2Cys6 型转录因子在真菌的初级与次级代谢、应激反应及细胞分裂等生命过程中发挥着关键的调控作用.本研究通过运用隐马尔可夫模型对巨大侧耳 Pleurotus giganteus 全基因组进行筛选,鉴定出 67 个基因属于Zn(Ⅱ)2Cys6 型转录因子基因家族.通过 Motif分析,揭示了巨大侧耳 Zn(Ⅱ)2Cys6 型转录因子家族成员具有显著的序列结构特征.系统发育分析将这67个家族基因划分为 4个主要分支.基于转录组数据,筛选出53个在 10 μmol/L Cd2+胁迫 3、6、12 h及 100 μmol/L Cd2+胁迫处理 3、6、12、24 h 下差异表达的家族基因.利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)、基因共表达网络拓扑分析和共表达基因的 GO、KEGG 富集分析,预测了部分差异表达的家族基因的调控功能.本研究为阐明 Zn(Ⅱ)2Cys6 型转录因子家族在巨大侧耳应对 Cd2+胁迫响应机制中的作用提供了科学依据.
Zn(Ⅱ)2Cys6-type transcription factors play pivotal regulatory roles in various biological processes in fungi,including primary and secondary metabolism,stress responses,and cell division.In this study,a hidden Markov model(HMM)was employed to screen the whole genome of Pleurotus giganteus,and 67 genes belonging to the Zn(Ⅱ)2Cys6-type transcription factor family were identified.Motif analysis revealed distinct sequence features among the family members.Phylogenetic analysis further classified these 67 genes into four major clades.Based on transcriptomic data,53 family genes with differential expression were identified under 10 μmol/L Cd2+stress for 3 h,6 h,and 12 h,as well as under 100 μmol/L Cd2+stress for 3 h,6 h,12 h,and 24 h.By using weighted gene co-expression network analysis(WGCNA),gene co-expression network topological analysis,and GO/KEGG enrichment analysis of co-expressed genes,the regulatory functions of some differentially expressed family genes were predicted.This study provides a scientific basis for further understanding of the role of Zn(Ⅱ)2Cys6-type transcription factor family in the response mechanisms of P.giganteus to cadmium stress.
刘悦;宋学超;张娜;张蕊;李维焕;程显好;杨树德
鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025鲁东大学园艺学院 山东省食药用菌技术重点实验室 烟台市食药用菌技术创新中心,山东 烟台 264025
侧耳属锌簇型转录因子基因家族转录组
Pleurotuszinc cluster transcription factorgene familytranscriptome
《菌物学报》 2026 (2)
117-134,18
山东省现代农业产业技术体系食用菌创新团队遗传育种岗位(SDAIT-07-03)山东省科技型中小企业创新能力提升工程项目(2021TSGC1233,2023TSGC900) This work was supported by the Genetic Breeding Position in Edible Mushroom Innovation Team of Shandong Modern Agricultural Industrial Technology System(SDAIT-07-03)and the Science and Technology-based Small and Medium-sized Enterprises Innovation Capacity Enhancement Project of Shandong Province(2021TSGC1233,2023TSGC900).
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