文冠果AP2/ERF基因家族的全基因组鉴定及表达分析OA

[目的]对文冠果中AP2/ERF (APETALA2/乙烯反应元件结合因子)基因家族的染色体定位、基因结构、启动子中顺式作用元件以及盐雾胁迫下的表达模式进行分析,为挖掘XsAP2/ERF在盐雾胁迫下的作用提供参考。[方法]基于文冠果基因组数据,利用NCBI数据库、MEGA7.0等生物信息学工具对文冠果AP2/ERF基因家族进行鉴定分析。以盐雾(饱和氯化钠)胁迫0、2和4 d的文冠果幼苗叶片为材料,进行转录组测序,分析文冠果AP2/ERF基因的表达规律。[结果](1)在文冠果全基因组中鉴定出145个AP2/ERF基因,这些基因在15条染色体上不均匀分布。(2)通过系统进化和结构域分析,将文冠果AP2/ERF基因家族分为AP2(21个成员)、ERF(119个成员)和RAV(5个成员)3个亚家族,共鉴定出10个保守基序,仅有motif 1为该基因家族的共有基序;且在文冠果AP2/ERF基因家族中有90个基因不含内含子。(3)在文冠果AP2/ERF基因启动子区域共发现19种,共1 930个顺式作用元件,涵盖非生物胁迫、生长发育、植物激素响应三大类,其中,ABA应答元件数量最多(432个);并通过互作分析,筛选出4个与文冠果AP2/ERF转录因子置信度较高的互作蛋白。(4)筛选到10个文冠果AP2/ERF基因(XsAP2/ERF2、XsAP2/ERF22、XsAP2/ERF23、XsAP2/ERF27、XsAP2/ERF48、XsAP2/ERF56、XsAP2/ERF103、XsAP2/ERF111、XsAP2/ERF122、XsAP2/ERF128)在盐雾胁迫期间持续显著上调表达。[结论]XsAP2/ERF家族基因在文冠果响应盐雾胁迫过程中有着重要作用,本项研究对于今后XsAP2/ERF家族基因生物学功能的鉴定与抗盐基因资源的挖掘具有推动作用。