基于双通道混合图神经网络的DNA结合蛋白识别OA
DNA-BINDING PROTEIN RECOGNITION BASED ON DUAL-CHANNEL HYBRID GRAPH NEURAL NETWORK
DNA结合蛋白的研究在生物制药、临床检验领域有着重要的意义和作用.深度学习方法显著提高了预测精度,但是在利用蛋白结构和进化信息时遇到了瓶颈.为此,提出一种基于双通道混合图神经网络的DNA结合蛋白识别方法,利用序列比对发现序列进化信息,融合图注意力网络和图同构神经网络,分别挖掘蛋白质接触图和序列进化中蕴藏的DNA结合蛋白的关键信息,并得到高精度的蛋白质的表示.实验结果表明,该方法在独立测试集上与6 种典型方法的平均准确率相比提高了9.49%.
The study of DNA-binding proteins has important significance and role in the field of biopharmaceuticals and clinical testing.Deep learning methods have significantly improved prediction accuracy,but have encountered bottlenecks in exploiting protein structure and evolutionary information.Therefore,this paper proposes a DNA-binding protein recognition method based on dual-channel hybrid graph neural network,which uses sequence alignment to find sequence evolution information,fuses graph attention network and graph isomorphic neural network,mines the key information of DNA-binding proteins contained in protein contact map and sequence evolution,and obtains high-precision protein representation.Experimental results show that the average accuracy of this method is improved by 9.49%compared with the average accuracy of the six typical methods on the independent test set.
祁枢杰;陆卫忠;傅启明;马洁明;崔志明;吴宏杰
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信息技术与安全科学
DNA结合蛋白图注意力网络蛋白质接触图图同构神经网络序列预处理
DNA-binding proteinGraph attention networksProtein contact mapGraph isomorphic netPrepro-cessing of qequence
《计算机应用与软件》 2026 (1)
185-192,8
国家自然科学基金项目(62073231,61902272,61902271).
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