肝细胞癌组织中miR-21相关差异表达基因的筛选及其生物学功能的分析OA

目的筛选出肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织与正常组织中miR-21相关差异表达基因,并分析其在HCC发生发展中的生物学功能。方法在GEO数据库中选择数据完整性较好的GSE65892数据集,通过GEO2R工具将数据导入R语言,利用limma包筛选出miR-21相关差异表达基因。利用DAVID数据库对miR-21相关差异表达基因进行GO功能和KEGG通路分析。构建miR-21相关差异表达基因的蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,从中筛选出枢纽基因,并通过Kaplan-Meier生存曲线,分析枢纽基因对HCC患者预后预测的价值。结果自GSE65892数据集中共筛选出miR-21相关差异表达基因74个,其中23个基因上调,51个基因下调。GO功能和KEGG通路分析结果显示,这些差异表达基因涉及细胞对脂多糖的反应和血管生成等生物过程。通过PPI网络筛选出18个下调和2个上调的枢纽基因,进一步的生存分析显示,8个枢纽基因(RBM12、HNRNPD、CXCL8、TRA2A、DDIT3、RPS24、LRRC57、CXCL2)与HCC患者的不良预后显著相关。结论RBM12、HNRNPD、CXCL8、TRA2A、DDIT3、RPS24、LRRC57、CXCL2是与患者预后不良显著相关的miR-21相关差异表达的基因,通过参与机体的免疫功能及细胞的分化、增殖及凋亡等生物学过程参与HCC的发生和发展。