濒危赤水凤仙花叶绿体基因组特征及系统发育分析OA北大核心CSCDCSTPCD
【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件对叶绿体基因组进行组装,注释,基因特征、序列重复和系统发育分析。【结果】(1)赤水凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总GC含量为37%,长152892 bp;共编码120个基因,包括95个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和17个tRNA基因。(2)共检测到87个SSR序列,以A、T组成为主;检测到20327个密码子,其中亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Trp)最少。(3)凤仙花属分为2个亚属,为棒凤仙花亚属与凤仙花亚属,赤水凤仙花为棒凤仙花亚属,且与太子凤仙花亲缘关系最近。【结论】赤水凤仙花为典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属。
兰文香;莫清;黄海泉;黄美娟
西南林业大学园林园艺学院,昆明650224 西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,昆明650224西南林业大学园林园艺学院,昆明650224 西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,昆明650224西南林业大学园林园艺学院,昆明650224 西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,昆明650224西南林业大学园林园艺学院,昆明650224 西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,昆明650224
农业科技
赤水凤仙花叶绿体基因组序列结构与特征分析系统发育分析
《西北植物学报》 2024 (12)
P.1927-1936,10
国家自然科学基金项目(32060364,32060366)云南省重大科技专项(202102AE090052)云南省园林植物遗传改良与高效繁育博士生导师团队资助项目。
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