【目的】探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记。【方法】试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采用直接测序法筛选柯乐猪MMP2基因SNP位点,利用RNAfold在线软件预测MMP2基因不同单倍型mRNA二级结构,并通过SPSS 22.0软件分析MMP2基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪MMP2基因第2外显子中检测到1个SNP位点(g.30062403 C>T),在第4外显子中检测到2个SNPs位点(g.30065309 C>T和g.30065312 C>T),均存在3种基因型(CC、CT和CT)。遗传特性分析结果显示,g.30062403 C>T位点为低度多态,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点属于中度多态。卡方适合性检验结果显示,g.30062403 C>T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),另2个位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。连锁不平衡分析结果显示,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点之间存在强连锁不平衡。单倍型mRNA二级结构分析显示,单倍型H1的mRNA二级结构与原序列相同,其他3种单倍型均导致mRNA二级结构和最小自由能发生变化。关联分析结果显示,g.30062403 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数显著高于CC基因型,断奶窝重显著高于CT基因型(P<0.05);g.30065309 C>T位点CC基因型个体的断奶仔数显著高于TT基因型(P<0.05);g.30065312 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数、断奶仔数均显著高于CT基因型(P<0.05)。双倍型H2H2为窝产仔数、窝产活仔数、断奶仔数、断奶窝重的优势双倍型,H1H4为初生窝重的优势双倍型。【结论】柯乐猪MMP2基因3个SNPs位点与其窝产仔数、窝产活仔数、初生窝重、断奶仔数及断奶窝重均存在显著关联性,可作为分子育种遗传标记。
向进;杨齐心;罗华伦;洪亚婷;郭小江;杨红文;李维;王春源;吴燕;张依裕;
贵州大学动物科学学院,高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵州大学香猪研究所,贵阳550025贵州省畜禽遗传资源管理站,贵阳550001黔西南州农业农村局,兴义562400贵州省草地技术试验推广站,贵阳550001
畜牧业
柯乐猪;MMP2基因;多态性;繁殖性状;关联分析
《中国畜牧兽医》 2024 (003)
P.1142-1150 / 9
贵州省科技支撑计划(黔科合支撑[2021]一般147);贵州省科技计划项目(黔科合平台人才[2021]5630号);贵州省生猪产业发展项目(黔财农[2021]157号、黔财农[2022]183号);贵州省种业发展项目(黔农计财[2022]10号);贵州省生猪产业技术体系建设(GZSZCYJSTX-03);国家重点研发计划子课题(2022YFD1100308-01)。
10.16431/j.cnki.1671-7236.2024.03.026
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