基于转录组测序的阔柄杜鹃EST-SSR引物开发

[目的]为了开发阔柄杜鹃SSR分子标记，并验证开发的分子标记的多态性。[方法]本研究从重庆市白马山(BM)、赵云山(ZY)以及金佛山(JF)等 3个采样点采样，利用第二代测序技术对阔柄杜鹃转录组进行测序，对测序得到的原始数据进行质量控制，在测序之后截除序列读长中的测序接头(Adapte r)和引物序列，并且过滤 1kb以下的数据，得到Clean Data.对9个样品进行转录组测序，共获得55.0 4Gb Clean Data，各样品Clean Data可以达5.74Gb，Q30碱基百分比在 90.80%及以上。获取Clean Data之后，对高质量测序数据进行序列组装。序列组装完成后，利用MISA软件检测阔柄杜鹃潜在SSR位点。基于转录组测序数据开发SSR分子标记。[结果](1)利用阔柄杜鹃转录组数据拼接组装得到 99809 条Unig ene，MISA软件检测到 19983 个SSR位点，共鉴定出六种类型的SSR，有复合型重复SSR共 1376 个，单、二、三个核苷酸重复为主要的SSR位点类型，其中数目最多的重复类型是双碱基重复SSR，共8599个占4 3.03%;(2)阔柄杜鹃转录组有 6种核苷酸重复类型，其中AG/CT是出现最多的重复基元，占SSR总数的3 8.67%，其次是A/T重复，占SSR总数的 38.11%。单核苷酸和二核苷酸重复较多，三核苷酸及以上重复出现频率较低。(3)分别从三个种群的特有SSR位点中选取 30对设计引物，共获得 90 对引物，对三个种群的8个个体进行SSR多态性检验，结果显示有27 对引物显示出了多态性引物多态性比率为30%，多态性位点的等位基因介于2～8个，平均等位基因数 5.25 个。(4)在多态性引物中有 2 对(JF-21和B-28)在三个不同种群的阔柄杜鹃DNA扩增中表现出明显的条带差异性，可能在区分种群上具有一定的价值。[结论]阔柄杜鹃SSR位点出现频率和分布密度相对较高，基元类型也较为丰富，但多态性较为一般。基于转录组序列设计筛选的 26 对SSR引物具有多态性，进一步丰富了杜鹃属植物的SSR分子标记资源，可以为阔柄杜鹃以及其近缘物种的保护生物学研究提供参考。